Les funérailles d'Annette Funicello ont eu lieu à la chapelle commémorative Cherished Memories à Bakersfield, en Californie. Il s'agissait d'une cérémonie privée. Certains récits allèguent que Funicello a en fait été enterré au Forest Lawn Memorial Park à Hollywood Hills, en Californie, mais ces rapports ont été contestés.
Mme. Funicello avait 70 ans lorsqu'elle est décédée de complications liées à la sclérose en plaques, une maladie dans laquelle le système immunitaire ronge l'enveloppe protectrice des nerfs. Funicello a annoncé publiquement sa santé défaillante en 1992. Des signes qui auraient pu indiquer que Funicello commençait à souffrir de SEP étaient visibles dès 1987, lorsque Funicello a connu des étourdissements alors qu'il travaillait avec l'acteur Frankie Avalon. Elle n'a pas abordé la question à l'époque.
