Les applications gratuites de l'Amazon Appstore peuvent être téléchargées en toute sécurité, à condition qu'elles soient téléchargées directement depuis la boutique elle-même. Ces applications sont soumises à un processus de vérification similaire à celui de Google Play.
Bien que les applications de l'Amazon Appstore soient sûres, le processus d'installation introduit des failles de sécurité pour les utilisateurs d'Android. Pour installer des applications, les utilisateurs doivent modifier les paramètres de sécurité de l'appareil Android pour installer des applications provenant de sources inconnues, un processus appelé chargement latéral. Une fois défini, l'appareil Android permet à un utilisateur d'installer une application quelle que soit sa source, et pas seulement à partir de l'Amazon Appstore. Il n'existe actuellement aucune fonctionnalité Android pour autoriser uniquement les applications d'un marché spécifique.
La majorité des logiciels malveillants proviennent de sites tiers, bien qu'ils puissent également être envoyés sous forme de pièces jointes dans des e-mails. Habituellement, un appareil Android défend l'utilisateur en refusant d'installer une application qui ne provient pas de Google Play. Cependant, cette fonctionnalité est désactivée lors du processus d'installation d'applications à partir de l'Amazon Appstore, créant une vulnérabilité de sécurité. Il existe actuellement des milliers d'applications Android malveillantes en circulation, et la majorité proviennent de sites tiers.
Pour éviter ce problème, les utilisateurs doivent réactiver la fonction de sécurité et interdire les installations à partir de sources inconnues dès que l'application de l'Amazon Appstore est installée. Cela protège l'appareil lorsqu'il ne charge pas les applications prévues.
