Selon WebMD, la pénicilline n'est pas couramment prescrite pour guérir la vaginose bactérienne. Les antibiotiques tels que la clindamycine, le métronidazole et le tinidazole détruisent les bactéries qui causent la vaginose bactérienne.
Certains antibiotiques utilisés pour traiter la vaginose bactérienne peuvent être pris par voie orale ou insérés dans le vagin sous forme de crème, de gel ou de suppositoire. Les médicaments vaginaux sont avantageux car ils provoquent moins d'effets secondaires systémiques que les médicaments oraux, selon WebMD. Il est conseillé aux femmes enceintes, en particulier celles à haut risque de travail prématuré, d'éviter le traitement vaginal. La vaginose bactérienne revient souvent après le traitement, c'est pourquoi les médecins prescrivent parfois des médicaments pendant une période plus longue pour éviter les récidives.