Il est possible de mettre des chansons sur un iPod sans iTunes en utilisant d'autres logiciels qui permettent le transfert de musique d'un ordinateur vers l'appareil. Il existe des alternatives à iTunes disponibles pour Windows, Linux, et les systèmes OSX.
Il existe des options logicielles tierces pour les propriétaires d'iPod qui souhaitent transférer de la musique sur leur appareil sans utiliser iTunes. Ces options obligent les utilisateurs à télécharger le logiciel sur leur ordinateur. Branchez l'iPod et activez le logiciel installé. Les options gratuites telles que SharePod ou PodTrans permettent à l'utilisateur de voir copier ou déplacer des fichiers musicaux d'un ordinateur Windows vers l'iPod. Podworks et PodUtil ont le même objectif pour OSX et Linux respectivement. Chaque programme possède une interface à travers laquelle les utilisateurs sélectionnent l'emplacement de la musique sur leur ordinateur, s'ils souhaitent la copier ou la transférer, et où ils souhaitent l'enregistrer sur l'iPod.