Dans Pok?mon Emerald, obtenez Cyndaquil en parlant au professeur Birch après avoir terminé l'entrée Hoenn Pok?dex. Il propose l'un des trois Pokémon de départ de la génération II : Chikorita, Cyndaquil ou Totodile. Ce n'est qu'une fonctionnalité de Pok?mon Emerald; les joueurs ne reçoivent pas la même récompense pour avoir terminé le Pok?dex dans Pok?mon Ruby and Sapphire.
Le Hoenn Pok?dex contient 202 Pok?mon, dont 135 ont été introduits dans la troisième génération. Pour le compléter, les joueurs doivent posséder tous les Pokémon présentés dans le jeu, y compris les trois Pokémon de départ : Treecko, Torchic et Mudkip. Étant donné que les joueurs ne peuvent choisir qu'un seul d'entre eux au début du jeu, terminer le Pok?dex nécessite d'échanger des Pok?mon à partir d'autres copies de Pok?mon Ruby, Sapphire ou Emerald.
De plus, il y a cinq Pok?mon dans le Hoenn Pok?dex qui n'apparaissent pas dans Pok?mon Emerald qui doivent être échangés à partir des versions Ruby et Sapphire : Meditite, Medicham, Roselia, Zangoose et Lunatone.< /p>
Il existe également les légendaires Pok?mon Jirachi et Deoxys, qui n'apparaissent dans aucun jeu de génération III sans connexion à d'autres jeux ou via des objets reçus lors d'événements spéciaux du monde réel. Jirachi n'est disponible que sur le disque bonus Pok?mon Colosseum, en terminant le jeu Pok?mon Channel ou via des cadeaux spéciaux. Deoxys se trouve uniquement dans le jeu sur Birth Island, ce qui nécessite un ticket Aurora d'un événement Nintendo pour y accéder.
