La progression d'un joueur est automatiquement sauvegardée à la fin de chaque chapitre ou niveau de "Indiana Jones" pour la Wii. Les joueurs ne peuvent pas sauvegarder le jeu manuellement.
Lors d'une sauvegarde automatique, une icône de chapeau s'affiche dans le coin inférieur droit de l'écran. Le chapeau disparaît une fois la sauvegarde terminée. Le jeu est stocké sur des blocs libres, ou espace de stockage, sur la Wii ou sa carte mémoire. Tout progrès réalisé avant d'atteindre la fin d'un chapitre ou d'un niveau est perdu si le niveau n'est pas terminé.
Les joueurs peuvent charger la partie sauvegardée en sélectionnant l'option à charger dans le menu principal.
