Remplir le Pokédex dans "Pokémon FireRed" nécessite de collecter tous les Pokémon réguliers du jeu, tous les Pokémon légendaires et certains autres Pokémon qui ne peuvent être acquis qu'en échangeant avec d'autres joueurs. Selon sur le site de stratégie Bulbapedia, de nombreux Pokémon ne se trouvent que dans la version LeafGreen du jeu et ne peuvent être obtenus qu'en échangeant avec un joueur possédant cette version.
Selon le site de stratégie Psypoke, il y a dix Pokémon légendaires à collectionner à différents niveaux du jeu. Articuno se trouve au niveau inférieur des îles Seafoam. Zapdos se trouve à la sortie de la centrale électrique. Moltres se trouve au sommet du mont Ember. Mewtwo se trouve dans le donjon inconnu. Raikou, Entei et Suicune apparaissent au hasard sur la carte du monde après que le joueur a vaincu l'Elite Four, mais l'apparence de chacun est basée sur le Pokémon de départ choisi par le joueur. Lugia et Ho-Oh peuvent être trouvés en prenant le chemin de droite et le chemin de gauche sur l'île 8, respectivement. La version défensive de Deoxys n'apparaît que dans la version LeafGreen et doit être échangée avec un autre joueur. De nombreux autres Pokémon apparaissent dans la version LeafGreen et non dans la version FireRed, notamment Sandshrew, Goupix, Bellsprout, Slowpoke, Staryu, Magby, Pinsir, Marill, Misdreavus, Sneasel, Remoraid, Octillery et Mantine. Un joueur souhaitant remplir le Pokédex FireRed doit échanger pour acquérir ces Pokémon.
