Au total, le Japon compte 6 852 îles. Cependant, cette définition n'inclut que les îles de 100 mètres de circonférence ou plus ; une définition moins restrictive conduirait à un nombre beaucoup plus élevé, tandis qu'une définition plus restrictive conduirait à un nombre plus faible. Seules 430 îles japonaises sont habitées.
La plupart des gens au Japon vivent sur quatre îles : Hokkaido, Honshu, Shikoku et Kyushu. Parmi ceux-ci, Honshu est de loin le plus grand et le plus peuplé ; c'est aussi la septième plus grande île du monde, avec une longueur totale de 810 milles. L'une des plus petites îles du Japon, Aogashima, ne comptait que 205 habitants en 2009, dont 25 étudiants.