Les animaux vivant en France en tant qu'espèces indigènes comprennent les cerfs élaphes, les bouquetins, les genettes, les rats musqués, les loutres, les lapins, les marmottes des Alpes, les lynx, les castors, les putois, les blaireaux, les chevaux sauvages de Camargue, les ragondins et les renards. Les espèces protégées comprennent la martre des pins, le busard Saint-Martin, l'écureuil roux, le chamois, le sanglier et le faucon pèlerin. La France compte de nombreuses zones encore sauvages, avec des habitats naturels pour ses animaux.
Le large éventail d'habitats naturels de la France lui permet d'accueillir une tout aussi grande variété d'animaux. Le bouquetin est originaire des régions alpines de France ; il est reconnaissable à ses longues cornes qui se recourbent vers l'arrière derrière sa tête. Les genettes ont été introduites en France depuis l'Afrique au VIe siècle et ont été à l'origine dressées pour attraper les rongeurs, comme le sont les furets à l'époque moderne. Les rats musqués sont venus d'Amérique du Sud en France dans le cadre du mouvement d'élevage de fourrures. De plus, des hamsters sauvages vivent dans la vallée du Rhin.
Alors que les ours bruns et les loups devenaient menacés en France, les ours bruns ont été réintroduits dans les Pyrénées et les loups dans les Alpes, notamment dans le Parc National du Mercantour. Les castors ont également été réintroduits dans la vallée du Rhône après avoir failli disparaître en France. Les écureuils roux sont protégés dans toute l'Europe et sont plus fréquents en France que dans certains autres pays. Le chamois, chèvre de montagne vivant dans les Alpes, est considéré comme l'un des animaux emblématiques des Alpes.
