"Pokémon Jaune" recèle de nombreux secrets, dont des Pokémon spéciaux, des techniques cachées et des objets secrets. Contrairement à "Pokémon Rouge" ou "Pokémon Bleu", il est possible d'acquérir les trois Pokémon de départ. Pour obtenir Squirtle, les joueurs doivent d'abord battre le lieutenant Surge. Ensuite, ils doivent trouver l'officier Jenny au milieu de la ville ; elle offre le puissant Pokémon eau.
Le charmeur peut être trouvé en allant à Cerulean City et en battant les cinq dresseurs sur le pont allant au nord. Après avoir battu les entraîneurs, les joueurs peuvent se diriger vers la première passerelle carrée et parler à l'homme là-bas; il abandonne un Charmander. Bulbizarre se trouve également à Cerulean City. Les joueurs peuvent se rendre dans la maison à côté du Centre Pokémon pour rencontrer Mélanie, qui s'occupe des Pokémon blessés. Si Pikachu est content, Mélanie offre son Bulbizarre au joueur. Si Pikachu n'est pas content, les joueurs peuvent donner à Pikachu cinq potions d'affilée, puis reparler à Mélanie.
Pour trouver le légendaire Zapdos, les joueurs doivent utiliser la technique du Surf pour aller dans l'eau près du Rock Tunnel. Ils doivent suivre le ruisseau jusqu'à la centrale électrique pour localiser Zapdos près de la sortie. Pour trouver la technique d'imitation cachée, un joueur doit d'abord acheter une Pokédoll au Celadon Mart. Ensuite, il doit se rendre à Saffron City et parler au Copycat, qui partage la technique rare. À Celadon City, les joueurs peuvent consulter le Game Corner pour trouver des pièces secrètes. Ils peuvent faire le tour et appuyer sur "A" à plusieurs reprises pour trouver ces pièces sur le sol.
