Les principaux fleuves des Philippines sont le fleuve Cagayan, le Rio Grande de Mindanao et le fleuve Agusan. Le pays compte un total de 421 fleuves, mais les scientifiques considèrent que 50 d'entre eux sont biologiquement morts.
Le fleuve le plus long des Philippines est le fleuve Cagayan. Il mesure des miles 314 et se trouve sur l'île de Luzon, qui se trouve dans la partie nord du pays. La rivière Cagayan est sujette aux inondations, en particulier lors de fortes pluies. La rivière Cagayan coule des monts Caraballo jusqu'au canal Babuyan. Le deuxième plus grand fleuve est le Rio Grande de Mindanao, situé dans la partie sud des Philippines sur l'île de Mindanao. Les habitants utilisent la rivière pour transporter des produits agricoles, ainsi que du bois. Le Rio Grande de Mindanao commence dans les montagnes Impasug-ong et se termine dans le golfe de Moro. À l'est se trouve la rivière Agusan, qui prend sa source dans la vallée de Compostelle et se jette dans la baie du Bhoutan. C'est le troisième plus grand fleuve des Philippines. On trouve beaucoup de tourbe et de sagou dans et près de cette rivière et elle abrite des canards migrateurs, qui vivent également dans les lacs adjacents. L'Agusan est sujet aux crues soudaines pendant les périodes de fortes pluies.