Le Rio Negro, la rivière Jurua et la rivière Madeira sont quelques-uns des principaux affluents du fleuve Amazone. Il existe plus de 17 grands plans d'eau qui interagissent d'une manière ou d'une autre avec le fleuve Amazone.
Le fleuve Amazone s'étend sur plus de 4 000 milles et contient près de 1 100 affluents, certains beaucoup plus petits que d'autres. Le Rio Negro est l'un des plus grands et en termes de débit d'eau, il détient le record du deuxième plus grand fleuve du monde. Dans certains de ses endroits les plus profonds, cette rivière a une profondeur de 300 pieds et l'embouchure de la rivière se trouve à Manaus, au Brésil. Le Jurua et le Madère sont d'autres affluents principaux et ils mesurent tous deux plus de 2 000 milles de long.
Certains des autres grands affluents de l'Amazone sont les rivières Japura, Purus et Xingu. Toutes ces rivières mesurent au moins 1 000 milles de long.
Avant le développement des routes modernes et d'autres infrastructures, les affluents étaient les principaux passages pour atteindre diverses régions d'Amérique du Sud. Ces affluents permettaient également l'entrée et la sortie de marchandises des pays du continent.
Le bassin du fleuve Amazone reçoit en moyenne plus de 7 pieds de pluie par an, mais certaines parties du fleuve peuvent recevoir plus de 6 mètres de pluie pendant une période d'un an.