Selon Bulbapedia, il y a quatre défauts dans Pokemon Fire Red et Pokemon Leaf Green. Ceux-ci incluent l'Infinite Nugget, le Poke Flute, le Roaming Roar et le Low IV. Ces pépins diffèrent des rouges, verts et bleus de la génération I.
Le premier glitch est le glitch Infinite Nugget. Ce n'est techniquement pas un problème, mais il est généralement considéré comme un. Pour recevoir des pépites infinies, le joueur doit perdre et rejouer le leader Rocket Grunt à la fin de Nugget Bridge. Chaque fois que le joueur perd, le Rocket Grunt donne au joueur une pépite. Le Grunt peut jouer un nombre infini de fois, ce qui signifie que le joueur peut recevoir des pépites infinies.
Le deuxième problème est le problème Poke Flute. Ce problème permet au joueur de couper la musique Poke Flute lors de la lecture. Pour ce faire, il suffit d'activer et de désactiver le menu d'aide pendant que le Poke Flute joue.
Le troisième problème est le problème Roaming Roar. Il s'agit d'un problème qui fait disparaître tout Pokémon errant de tout le jeu si le Pokémon utilise Roar pendant la bataille.
Le dernier problème de la génération III est le problème de IV faible. Ce problème est le résultat d'un code manquant. Il donne aux Pokémon itinérants des niveaux IV faibles qui, sans affecter les PV, réduiront toutes les autres statistiques telles que l'attaque et la défense. C'est malheureux pour les entraîneurs IV qui souhaitent maximiser les capacités d'un Pokémon. Les problèmes trouvés dans la génération I, tels que le problème Missing No., ont été supprimés des remakes.