Seulement dans Pokémon Noir, il est possible d'attraper Weedle, Kakuna, Beedrill, Murkrow, Houndour, Houndoom, Shroomish, Breloom, Plusle, Volbeat, Cottonee, Whimsicott, Gothita, Gothorita, Gothitelle, Vullaby, Mandibuzz, Tornadus et Reshiram. Uniquement dans Pokémon Blanc, il est possible d'attraper Caterpie, Metapod, Butterfree, Paras, Parasect, Misdreavus, Poochyena, Mightyena, Minum, Illumise, Petilil, Lilligant, Solosis, Duosion, Reuniclus, Rufflet, Braviary, Thundurus et Zekrom. Il y a aussi certains changements esthétiques et des combats spécifiques qui sont différents.
Le Pokémon légendaire qui rejoint le joueur pour combattre le mystérieux personnage "N" dépend du jeu du joueur. Lorsqu'il joue à Pokémon Blanc, le joueur reçoit le Pokémon noir de type Électrique et Dragon nommé Zekrom. Lorsqu'il joue à Pokémon Noir, le joueur reçoit le Pokémon Reshiram blanc de type Feu et Dragon.
Le Pokémon légendaire du trio météorologique qu'un joueur rencontre dépend également de la version du jeu auquel il joue. Les joueurs avec Pokémon Noir rencontrent Thundurus, tandis que les joueurs avec Pokémon Blanc rencontrent Tornade. Ces deux Pokémon sont nécessaires pour accéder à Landorus, donc un joueur doit échanger entre les versions du jeu afin de les obtenir.
Outre le fait que chaque version possède certains Pokémon exclusifs, il existe des différences esthétiques entre Opelucid City et Mistralton City. Drayden est le leader du gymnase d'Opelucid dans Pokémon Black mais dans Pokémon White c'est Iris.
Serebii explique que dans Pokémon Black, il y a une zone industrielle appelée Black City ; mais dans Pokémon White, il est remplacé par une zone appelée White Forest. Dans Pokémon Black, les villes semblent plus avancées et futuristes. Les bâtiments ont des néons, des portes automatiques et des serres. Dans Pokémon Blanc, les villes sont plus rurales et traditionnelles. Les bâtiments ont des chemins de pierre moussus, des granges et des jardins.
Selon Bulbapedia, dans les deux jeux, il y a un personnage appelé Charles le briseur de cœur. Dans Pokémon Black, il défie le joueur dans une bataille de rotation ; et, dans Pokémon Blanc, il défie le joueur dans une triple bataille.
