Certaines différences entre l'ELCA et le Synode du Missouri sont leur compréhension de l'interprétation biblique, le rôle des femmes dans le ministère, et la croyance et la pratique sacramentelles. Bien que les deux confessions partagent un héritage luthérien, ces différences ont conduit à une division accrue entre eux.
L'Église évangélique luthérienne et l'Église luthérienne du Synode du Missouri n'ont jamais été un corps uni, car le LCMS n'a jamais fait partie des organisations qui ont fusionné pour former l'ELCA. Les différences entre les deux organismes ont commencé à émerger dans les années 1970, les deux Églises répondant différemment aux changements radicaux qui se produisaient dans la société à cette époque.
Bien que les deux églises partagent des croyances et des confessions communes, elles diffèrent dans leur compréhension de l'interprétation biblique. L'ELCA embrasse l'érudition historico-critique de la Bible qui conduit à une variété d'interprétations permises par l'ELCA. Le LCMS est plus sceptique à l'égard de certaines formes d'érudition critique, estimant qu'elles sapent l'autorité biblique.
Au début des années 1970, l'ELCA a commencé le processus d'ordination des femmes à la direction pastorale. Aujourd'hui, il y a des femmes qui servent dans le ministère ordonné à tous les niveaux dans l'ELCA, tandis que le LCMS croit que la Bible n'autorise que les hommes à servir en tant que pasteurs.
Le LCMS permet uniquement aux membres en règle des paroisses LCMS de recevoir la communion dans ses services. L'ELCA permet à tout chrétien baptisé de recevoir dans une église ELCA et a des accords de pleine communion avec un certain nombre d'autres confessions protestantes.
