Les cartes Pokémon rares comprennent la première édition de la carte holographique Charizard, la carte holographique Raichu pré-sortie et la carte Illustrator Pikachu. Les cartes Charizard et Raichu ont toutes deux été publiées en ensembles, tandis que l'Illustrator Pikachu était une carte promotionnelle.
La première édition de la carte Charizard holographique est venue dans le premier jeu de cartes Pokémon. Une version sans ombre de la carte, qui n'a pas le biseau ombré standard dans l'image principale, est la version la plus rare et la plus précieuse. Les versions sans ombre de la carte avec une note de condition élevée valent plus de 1 000 $, à partir de 2015.
La carte Raichu d'avant-première porte le mot "Avant-première" estampé dans le coin inférieur droit de l'image principale. Seules huit des cartes Raichu ont ce tampon, ce qui lui vaut environ 10 000 $.
CoroCoro, un magazine qui vendait autrefois des Pokémon, a créé les cartes Illustrator Pikachu. Il a donné les cartes, qui ont une image de Pikachu tenant un pinceau, aux gagnants d'un concours d'illustration de cartes Pokémon. Seules six de ces cartes existent. Les cartes Illustrator Pikachu non notées se vendent 20 000 $, et celles de qualité supérieure valent bien plus.
La plupart des cartes Pokémon ont une icône de rareté dans le coin inférieur droit. Cette icône de rareté indique à quelle fréquence la carte apparaît dans les boosters.
