En plus de sa caractéristique la plus connue, qui est le canal artificiel qui la coupe en deux, la République du Panama contient des montagnes escarpées, des plaines côtières et des collines. La mince bande de terre qui comprend la nation de 29 157 milles carrés est un isthme qui relie les continents d'Amérique du Nord et d'Amérique du Sud. Le canal de Panama, qui a été achevé en 1914, permet aux navires de traverser les océans Atlantique et Pacifique qui se trouvent au nord et au sud de l'isthme de Panama.
Le Panama est le pays le plus au sud d'Amérique centrale et est bordé par la Colombie du côté sud-américain et par le Costa Rica du côté centraméricain. La colonne vertébrale centrale du pays, constituée de montagnes et de collines intérieures, est la caractéristique topographique dominante du pays. Les sommets de cette épine ont été formés par des intrusions volcaniques et la région montagneuse était le résultat d'un soulèvement provenant du fond marin. L'ensemble de la chaîne de montagnes, qui s'étend du Costa Rica au nord-ouest jusqu'au canal, est généralement appelé la Cordillère centrale. Le point culminant du Panama est le sommet de la montagne Volcan Baru à 11 401 pieds.
Il existe une jungle presque impénétrable, appelée le Darien Gap, à l'endroit où le Panama borde la Colombie. Cette zone est la seule coupure dans l'ensemble du réseau routier panaméricain qui relie l'Alaska à la région de la Patagonie dans le sud de l'Argentine.