La majorité de la masse continentale de l'Égypte est un désert plat et sans relief qui ne supporte qu'une végétation minimale. Dans le coin supérieur oriental du pays d'Afrique du Nord, la péninsule montagneuse du Sinaï borde Israël et est séparée du reste de la masse continentale africaine par le canal de Suez. L'Egypte est un pays transcontinental dans lequel l'isthme de Suez sert de pont terrestre entre les continents d'Afrique et d'Asie.
L'une des caractéristiques déterminantes de l'Égypte est le Nil et son delta. Sans le bénéfice des eaux du Nil, l'Egypte aurait pu devenir aussi vide que les autres régions d'Afrique du Nord couvertes par le désert du Sahara. Le Nil est flanqué de plaines inondables qui s'élargissent au fur et à mesure que le fleuve coule vers le nord jusqu'à la mer Méditerranée, pour finalement se déployer pour former le delta du Nil au nord du Caire, la capitale du pays. En raison de l'état aride du reste du pays, les centres de population se situent autour de l'étroite vallée du Nil et du delta du Nil, avec 99 pour cent de la population utilisant seulement environ 5,5 pour cent du territoire du pays.
La nécropole de Gizeh est la caractéristique physique artificielle la plus emblématique d'Égypte, avec ses pyramides et le Grand Sphinx représentant une énorme attraction touristique. Une caractéristique physique artificielle beaucoup plus récente est le canal de Suez, qui est considéré comme la composante la plus importante du transport maritime du Moyen-Orient. Ouverte à la navigation en 1869 après 10 ans de travaux, la voie navigable artificielle égyptienne traversant l'isthme de Suez relie la mer Méditerranée à la mer Rouge. Le canal de Suez permet le transport maritime entre l'Europe et l'Asie sans avoir besoin de naviguer en Afrique.