Les caractéristiques physiques les plus distinctives du Moyen-Orient sont ses vastes déserts, mais la région abrite également des chaînes de montagnes, des hauts plateaux et même quelques vallées fluviales fertiles. La région abrite le point le plus bas de la Terre, la mer Morte, qui se trouve à plus de 1 400 pieds sous le niveau de la mer. Les chaînes de montagnes de la partie orientale de la région montent vers les hauts sommets de l'Himalaya, avec des sommets de plus de 15 000 pieds d'altitude.
Avec une grande partie de la région dominée par des plaines désertiques chaudes et sèches, les rivières du Moyen-Orient sont d'importantes sources d'eau pour les civilisations. Le Nil a été l'élément vital des anciens Égyptiens, et son cycle régulier d'inondations et de recul a conduit au développement d'énormes projets de construction civile, tels que les pyramides. Le Tigre et l'Euphrate ont nourri la civilisation mésopotamienne et sont toujours des fleuves importants pour le peuple de l'Irak d'aujourd'hui.
Les hauts plateaux et les chaînes de montagnes sont également des caractéristiques importantes de la région. La terre montante du Levant, à la frontière orientale de la Méditerranée, a aidé à essorer l'eau des brises marines humides pour produire une terre verte et fertile propice à la colonisation. Les montagnes du Taurus en Turquie séparent la région de l'Asie, isolant les civilisations qui ont vu le jour dans cette région.
