Une partie de la végétation naturelle du Pérou comprend des monocotylédones, des dicotylédones, des plantes en coussin telles que Oxychloe andina, des arbres tels que Buddleja coriacea et des prairies telles que Blechnum loxense. Environ 40 pour cent de la terre au Pérou est couvert par la cordillère des Andes. Le reste du pays comprend les forêts et les jungles de la région du fleuve Amazone.
On estime que 21 462 espèces vivent dans le pays, dont 5 855 endémiques au Pérou. L'une des principales écorégions du Pérou est la région de la Puna humide des Andes centrales, qui se trouve dans les montagnes andines du Pérou et de la Bolivie. On estime qu'entre 1 000 et 1 500 plantes vasculaires se trouvent dans cette région du Pérou. Les monocotylédones représentent environ 40 pour cent de la végétation. La plante géante Puya raimondii pousse près de Huarez et est considérée comme l'une des plantes les plus connues du Pérou.
Dans les zones humides des hautes Andes, les scientifiques ont découvert la plante Senecio sanmarcosensis, inconnue avant 2009. Les cactus poussent le long de la côte du Pérou et dans les hauts plateaux. D'autres végétaux trouvés au Pérou comprennent des orchidées, de la mousse, des palmiers, des plantes de la canopée et de l'herbe d'ichu.
