L'histoire de l'EFCC au Nigeria, un acronyme pour la Commission des crimes économiques et financiers, a commencé avec sa création en 2003. Depuis sa création, la commission a réussi à poursuivre et condamner plusieurs hauts gradés personnes accusées de corruption, dont plusieurs dirigeants de banque et représentants du gouvernement.
Les événements marquants de l'histoire de l'organisation incluent également l'enquête de 2008 sur Iyabo Obasanjo-Bello, soupçonné de corruption à l'aide de fonds volés au ministère de la Santé. L'affaire a conduit au procès de la ministre de la Santé de l'époque et de son adjoint, accusés d'avoir volé environ 300 000 $ des fonds inutilisés alloués au ministère.
Le 14 septembre 2010, Abdullahi Muazu, qui dirigeait l'unité médico-légale de l'EFCC, a été assassiné à Kaduna. Avant sa mort, il avait été activement impliqué dans des procès impliquant plusieurs dirigeants de banques influents au Nigeria.
La juridiction légale de l'EFCC au Nigeria est limitée aux crimes financiers. Depuis 2014, la commission relève directement de la gouvernance du président du Nigeria. Cela permet au président en exercice de nommer et de révoquer le président de l'EFCC. Un cas de cela s'est produit le 23 novembre 2011, lorsque le président Goodluck Jonathan a limogé la présidente Farida Mzamber Waziri et l'a remplacée par Ibrahim Lamorde.
