Le conflit principal dans "Number the Stars" est l'occupation du Danemark par les nazis pour capturer et envoyer des Juifs dans des camps de concentration. Plus précisément, un conflit survient pour les personnages principaux lorsque la famille Yohansen risque leur vie en accueillir une jeune fille juive, Ellen Rosen, pour la protéger des nazis.
Il y a deux points culminants dans le roman qui mettent en évidence le conflit principal dans "Number the Stars". Le premier événement se produit lorsque des soldats fouillent la maison des Yohansen à la recherche d'Ellen et de sa famille. Après que les soldats nazis se soient méfiés d'Ellen, M. Yohansen prétend qu'elle est sa fille, lui sauvant la vie.
Dans la deuxième scène culminante, Annemarie - la fille de Yohansen - est arrêtée par des soldats nazis alors qu'elle se rendait pour livrer un colis à un homme qui aide les Juifs à s'échapper vers la Suède. Après avoir empêché les militaires de découvrir le contenu du colis, Annemarie évite de justesse d'être détenue.
En plus de ces événements, des conflits secondaires découlent de l'occupation nazie et des effets de grande envergure de la Seconde Guerre mondiale. Par exemple, plusieurs personnages perdent leur emploi, leur maison et même leur famille en tentant d'échapper à leur capture et à leur envoi dans des camps d'internement, ou en aidant des Juifs à fuir le Danemark. Sur le plan personnel, Ellen est aux prises avec le conflit d'avoir à être courageuse tout en faisant face à la menace de ne plus jamais revoir sa famille.
