Le thème de la sauvagerie contre la civilisation dans "Le Seigneur des Mouches" capture les impulsions concurrentes à l'intérieur de l'humanité : le premier instinct est celui de la civilisation, où les individus suivent des règles créées pour le bien du groupe, et ils possèdent une morale valeurs, contre le deuxième instinct vers la violence, les actions mauvaises, l'égoïsme et le pouvoir à tout prix. Vu sous un angle plus large, c'est le conflit inné du bien contre le mal.
L'or associe le mal à la sauvagerie et le bien à la civilisation. Dans son roman, les personnages sont des garçons bien entraînés du pays civilisé de Grande-Bretagne qui sont perdus dans une jungle sauvage. Lentement, ils perdent leur moral et cèdent à leurs plus bas désirs de pouvoir, de contrôle et de violence, que Golding dépeint au sens figuré à travers la bête.
Golding croyait que la civilisation ne faisait que masquer la bête en l'homme. Lorsque Jack et sa tribu deviennent des sauvages, ils commencent à adorer cette bête qu'ils ont imaginée, lui laissant même des offrandes. Les personnages de Golding incarnent ces instincts concurrents de civilisation et de sauvagerie : Ralph représente l'ordre et le leadership civilisé, tandis que Jack représente l'anarchie, la barbarie et une soif de pouvoir.
Au cœur de leurs désirs les plus bas et les plus innés, Golding croyait que les gens étaient mauvais. La civilisation supprime les désirs bestiaux ; la sauvagerie les exploite et permet aux gens de céder à leurs désirs de violence et de mal.