Selon le Wallops Flight Facility de la NASA, une bonne routine d'entraînement Nautilus est celle qui augmente la charge de travail progressivement à chaque séance d'entraînement et alterne des entraînements de haute intensité avec des périodes de repos. Les entraînements doivent commencer par le plus grand groupes musculaires et passez aux plus petits, en commençant par les hanches, les jambes et le torse, puis en travaillant les bras, la taille, le bas du dos et le cou.
Le Wallops Flight Facility de la NASA recommande d'effectuer une série de quatre à six exercices pour le bas du corps, suivie d'une série de six à huit exercices pour le haut du corps. Chaque exercice doit être effectué à un niveau de résistance qui permet huit à 12 répétitions de chaque exercice. Les répétitions doivent être effectuées lentement, en douceur, avec une bonne forme et avec une force constante. Une fois que 12 répétitions ont été atteintes sur un exercice donné, une résistance supplémentaire de 5% doit être ajoutée pour la prochaine séance d'entraînement. L'entraînement doit être limité à trois fois par semaine, avec des enregistrements indiquant la date, le nombre de répétitions et le niveau de résistance de chaque entraînement.
DailyBurn Tracker suggère d'utiliser plusieurs machines Nautilus dans une bonne routine d'entraînement Nautilus, y compris la presse à jambes, les extensions de jambes et les flexions des jambes pour le bas du corps. Le site recommande également la presse thoracique, la presse des épaules, les tractions lat (latissimus dorsi), les extensions de curl et de triceps pour le haut du corps, ainsi que les rangées de câbles assis et les crunchs pour les muscles du tronc.