"IGI-2 : Covert Strike" contient 19 missions solo qui vont de la surveillance secrète et des évasions aux braquages et assauts à grande échelle. Les missions se déroulent dans une grande variété d'intérieurs et d'extérieurs Emplacements. Le joueur peut choisir comment il aborde et termine chaque mission.
Chaque mission a un objectif, et plusieurs chemins sont disponibles pour atteindre chacun de ces objectifs. Parce que le joueur est en infériorité numérique dans toutes les missions, les approches furtives sont généralement les plus efficaces, mais chaque joueur peut choisir comment il souhaite jouer mission par mission. Les niveaux de difficulté sont définis au début de chaque jeu, et des scènes cinématiques précèdent et suivent chaque mission pour raconter l'histoire du jeu.
