Bobby Jones avait une femme, Mary Rice Jones, et trois enfants, Robert Jones III, Mary Ellen et Clara. Le fils de Bobby Jones, Robert III, est décédé d'une crise cardiaque mortelle seulement deux ans après la mort de Bobby Jones de la syringomyélie, une maladie de la colonne vertébrale.
Jones a également un petit-fils nommé Robert Tire Jones IV. Robert Jones IV a des enfants, mais son fils aîné est décédé subitement. Robert Jones IV est titulaire d'une maîtrise en théologie et d'un doctorat en psychologie. Il pratique la psychologie près d'Atlanta.
Jones était un fervent baptiste et enseignait à l'école du dimanche, mais sa femme était une fervente catholique. Le couple a élevé ses enfants dans la foi catholique, mais Robert III a épousé un méthodiste, selon Faith Magazine. Bobby Jones a épousé Mary Rice en 1924. Robert Jones III a joué au golf et a remporté le championnat de la ville d'Atlanta.
