Le Japon compte plus de 130 mammifères terrestres différents, 600 espèces d'oiseaux et divers reptiles, poissons et insectes. Une grande partie du Japon contient des terrains montagneux couverts de forêts, qui n'ont pas été aménagés pour l'habitation humaine.
Le Japon possède un certain nombre d'animaux uniques, dont le tanuki, les chats léopards de Tsushima, les écureuils volants de Sibérie et le serow. Les macaques japonais, ou singes des neiges, sont parmi les animaux les plus mémorables du Japon. Ils sont originaires du pays et sont le seul primate qui vit aussi loin au nord.
Sur les 600 espèces d'oiseaux du Japon, seules quelques-unes sont endémiques. Ceux-ci incluent
- Faisan vert
- Faisan cuivré
- Pivert du Japon
- Muguet d'Izu
- Oeil blanc de Bonin
- Train d'Okinawa
Près de la moitié des 73 espèces de reptiles trouvées au Japon sont endémiques. Il s'agit notamment des tortues de mer venimeuses et des tortues d'eau douce non venimeuses, divers serpents venimeux et non venimeux, des lézards, des scinques et des salamandres.
Le Japon compte plus de 3 000 types de poissons, dont des variétés d'eau salée et d'eau douce. Le taimen japonais se trouve à la fois dans les rivières et l'océan entourant Hokkaido et est une espèce en danger critique d'extinction.
Le Japon abrite également le frelon géant, qui est le plus gros frelon du monde. Les autres insectes comprennent de nombreuses variétés que l'on trouve dans d'autres parties du monde, notamment les cigales, les grillons et les lucioles. Il existe 190 types de libellules ainsi que 300 espèces de papillons.
