Le plan d'eau le plus célèbre de Boliva est le lac ("Lago" en espagnol) Titicaca, le plus grand lac d'Amérique du Sud et le plus haut lac navigable sur Terre. Autres lacs du bassin de l'Altiplano comprennent Poopó, Salar de Coipasa, Salar de Uyuni et Uru Uru. Les lacs du bassin de l'Altiplano vont du saumâtre au salé. Les lacs d'eau douce des basses terres comprennent Huaytunas, Rogaguado, Rogagua, Guachuna et El Océano.
Le fleuve le plus remarquable de Bolivie est l'Amazone. Les autres grands fleuves du bassin amazonien comprennent Madiera, Beni, Madre de Dios, Mamoré, Yata, Iténez (également connu sous le nom de Guaporé), Itonmas (également connu sous le nom de San Miguel, San Julián ou San Pablo), Río Blanco (également connu sous le nom de Baures ou Agua Caliente), San Martin, Río Grande (également connu sous le nom de Guapay) et Acre. Le bassin de La Plata contient les rivières Paraguay, Bermejo et Pilcomayo.
Le Sol de Mañana est un geyser du département de Potosi, au sud-ouest de la Bolivie. Le détroit de Tiquina est le canal qui relie les deux moitiés du lac Titicaca, le plus grand lac Chicuito et le plus petit lac Pequeno.
La Bolivie est enclavée et n'est reliée à la mer dans aucune direction, bien que le lac Titicaca soit suffisamment grand pour atténuer le climat environnant.