Les principaux reliefs du Mississippi comprennent la plaine du Mississippi ; Plaine côtière; zones humides côtières; les rivières Mississippi, Pearl, Big Black et Yazoo ; réservoir Ross Barnett; le détroit du Mississippi ; et les lacs Enid, Grenade et Sardes. D'autres formes de relief importantes incluent la rivière Pascagoula, la rivière Tombigbee, le lac Arkabutla, les montagnes Cumberland, la baie St. Louis, la baie Biloxi, la baie Pascagoula et le delta du Mississippi.
La plus haute altitude du Mississippi se trouve dans les contreforts des montagnes Cumberland à Woodall Mountain, qui mesure 807 pieds au-dessus du niveau de la mer, tandis que la plus basse altitude se trouve au niveau de la mer le long de la côte du golfe. La plaine côtière du golfe de l'Est couvre la majeure partie de l'État, y compris les basses collines des Pine Hills et des North Central Hills. Le lac Sardis est le plus grand lac du Mississippi, avec une superficie de 98 520 acres et un volume de 1,51 million d'acres-pieds. Il est alimenté par la rivière Little Tallahatchie. Le delta du Mississippi est la zone délimitée par le fleuve Mississippi et la rivière Yazoo et fait partie de la plaine alluviale du Mississippi. La rivière la plus longue de l'État est la rivière des Perles, qui entre dans le golfe du Mexique après un chemin de 450 milles. Le détroit du Mississippi abrite un certain nombre de petites îles qui font partie du littoral national des îles Gulf, notamment les îles de Petit Bois, Cat, Ship et Horn.
