Les hexagones sont présents dans la nature à de nombreux endroits, tels que les cellules imbriquées d'une ruche et les cristaux d'un flocon de neige. Les carapaces de tortues sont souvent recouvertes de marques hexagonales. La Chaussée des Géants en Écosse est une caractéristique géographique composée de 40 000 colonnes hexagonales de basalte. Les hexagones sont couramment utilisés pour les carreaux, les pavés et autres revêtements de murs et de sols, tandis que les panneaux solaires sont souvent constitués de grilles hexagonales.
L'apparition naturelle des hexagones est due à la manière efficace dont la forme hexagonale utilise l'espace. L'hexagone est l'un des trois seuls polygones réguliers qui s'emboîtent pour couvrir une surface plane sans aucun espace, les deux autres étant le carré et le triangle équilatéral.
Parce qu'un hexagone a plus de côtés qu'un carré ou un triangle, son aire a un périmètre fixe plus compact que l'un ou l'autre. Cela signifie que les alvéoles hexagonales du nid d'abeilles utilisent le moins de cire nécessaire pour enfermer le maximum d'espace, sans perdre d'espace entre les alvéoles.
Une disposition hexagonale permet également un emballage dense d'objets circulaires. Par exemple, les billes placées dans un plat arrondi s'arrangent naturellement en une forme hexagonale, avec six billes regroupées autour d'une bille centrale.
