La perte d'habitat dans les Grands Lacs est attribuée aux espèces envahissantes, à la pollution, au développement du littoral, au passage de navires, à la disparition d'espèces indigènes et aux prélèvements d'eau dans les bassins des Grands Lacs. Une petite partie de la perte d'habitat dans les Grands Lacs provient de phénomènes naturels, y compris les catastrophes naturelles telles que les inondations et les sécheresses. Cependant, la plupart des changements dans cet écosystème fragile proviennent de l'activité humaine.
Dans les Grands Lacs, ainsi que dans d'autres écosystèmes, l'introduction d'espèces non indigènes constitue une menace importante. Les espèces envahissantes sont des organismes tels que les plantes, les bactéries et les animaux qui sont transportés dans des habitats à partir d'autres endroits. Lors de leur introduction, ces espèces peuvent rivaliser avec les organismes indigènes pour les ressources rares telles que la nourriture, l'eau et un abri. Les espèces envahissantes peuvent également tuer des espèces indigènes par prédation directe ou, dans le cas de bactéries et de virus, par des maladies.
La pollution est un autre facteur de perte de biodiversité dans la région des Grands Lacs. La pollution se présente sous deux formes principales : source ponctuelle et source diffuse. La pollution de source diffuse se produit lorsque l'eau provenant de la fonte des neiges et de la pluie transporte des polluants dans les cours d'eau et les nappes phréatiques. La pollution de source ponctuelle provient de sources directes telles que les usines et les centrales au charbon. Enfin, le passage fréquent de navires et d'embarcations motorisées à travers les Grands Lacs génère des quantités importantes de produits chimiques toxiques et de polluants dans les eaux et l'air environnants.
