La déshydratation est l'une des causes possibles de l'urine brun foncé, selon Healthgrades. La déshydratation augmente la concentration urinaire en réduisant la quantité d'eau dans l'urine. Lorsque le corps perd de l'eau en raison de la déshydratation, les reins retiennent plus d'eau afin de répondre à la perte d'eau afin de s'assurer que suffisamment d'eau est disponible pour le fonctionnement normal du corps. En conséquence, les reins libèrent de l'urine brun foncé très concentrée dans la vessie pour élimination.
Outre la déshydratation, les causes de l'urine brun foncé comprennent les affections et les maladies qui affectent les voies urinaires, telles que le cancer de la vessie, les calculs vésicaux et les lésions et infections des voies urinaires, selon Healthgrades. Insuffisance rénale ; la cystite, qui est une condition dans laquelle la vessie gonfle; et la prostatite, une affection dans laquelle la prostate gonfle sont d'autres affections qui affectent les voies urinaires, provoquant éventuellement une urine brun foncé.
Certaines conditions médicales, notamment le cancer de la prostate, l'empoisonnement au cuivre et les maladies du foie, notamment la cirrhose et l'hépatite, peuvent entraîner une urine brun foncé en provoquant une accumulation de substance dans le sang. De plus, l'urine brune peut être due à une maladie potentiellement mortelle qui nécessite des soins médicaux immédiats comme la rhabdomyolyse, l'anémie hémolytique aiguë et l'hépatite aiguë. Certains médicaments tels que les antibiotiques et les laxatifs, et les aliments tels que les fèves, la rhubarbe et les baies peuvent également entraîner une urine brun foncé.