Beaucoup des premiers colons de New York, du New Jersey, de Pennsylvanie et du Delaware étaient des immigrants de pays européens où ils avaient été persécutés pour leurs croyances religieuses. Parmi eux se trouvaient des groupes de quakers, luthériens, anglicans, baptistes et mennonites hollandais, chacun avec ses propres pratiques et croyances. Selon le National Humanities Center, ce pluralisme religieux a joué un rôle dans la création de la culture diversifiée et tolérante sur le plan religieux des colonies du milieu.
USHistory.org décrit comment la présence de tant de groupes religieux différents dans une région a rendu presque impossible la domination d'une religion dans les colonies du milieu. Les différents groupes se toléraient largement les uns les autres, chacun subissant un risque égal de persécution. Au début de l'Amérique coloniale, les colonies du milieu servaient de tampon entre les colonies plus au nord, où le puritanisme anglais était la religion dominante, et les colonies du sud, où l'anglicanisme était le plus répandu. Parce que les colonies du milieu étaient plus tolérantes à l'égard de la dissidence religieuse, ceux qui craignaient la persécution au nord ou au sud pouvaient s'installer dans ces colonies et être mieux acceptés.
Même au sein des villes individuelles des colonies du milieu, il y avait une grande diversité religieuse. Le National Humanities Center, par exemple, montre une image de la ligne d'horizon de New York dessinée en 1771. Sur la carte se trouvent 18 lieux de culte différents. Les religions représentées par cette seule image étaient les religions néerlandaises réformées, anglicane, presbytérienne, luthérienne, huguenote française, congrégationaliste, méthodiste, baptiste, quaker, morave et juive.
