Understanding Evolution, un projet du Musée de Paléontologie de l'Université de Californie, définit le "phénotype" comme l'apparence physique d'un organisme. Le phénotype d'un organisme est influencé dans une large mesure par génotype, l'ensemble des gènes codés dans son ADN. Par exemple, certains oiseaux ont des gènes qui produisent des oiseaux à plumes bleues, tandis que d'autres oiseaux ont des gènes qui produisent des plumes vertes.
Les forces évolutives agissent pour changer à la fois le génotype et le phénotype d'un organisme. Comme expliqué par Understanding Evolution, la sélection naturelle modifie les gènes présents dans une population donnée. Cependant, comme les gènes déterminent l'apparence physique de l'organisme, l'évolution affecte également indirectement les phénotypes.
Dans certains cas, le phénotype d'un animal n'est pas déterminé génétiquement. Comprendre l'évolution décrit les flamants roses comme un exemple de ce phénomène. Les flamants roses tirent leur couleur rose de leur alimentation ; s'ils sont privés de leur nourriture typique, ils deviennent blancs. Dans ce cas, des portions du phénotype de l'animal sont déterminées de manière environnementale.
Wikipédia explique que certains organismes ont la capacité de modifier leur phénotype en réponse aux conditions environnementales. Cette capacité, connue sous le nom de plasticité phénotypique, est plus courante chez les organismes sessiles, tels que les plantes, que chez les organismes mobiles, tels que les animaux. Par exemple, les plantes peuvent développer des cuticules de feuilles plus épaisses pendant les périodes de temps sec.